Το νοσοκομείο των Φιλιατών προσφέρει αδιάκοπα τις υπηρεσίες του από το 1947, όμως η ιστορία του ξεκινά από το 1929.
Το 1929 με αφορμή τα πολλά θανατηφόρα κρούσματα που υπήρχαν την εποχή εκείνη λόγω έλλειψης ιατρικής περίθαλψης, ο ιατρός-Γερουσιαστής Πέτρος Μπέμπης συνέλαβε την ιδέα ίδρυσης νοσοκομειακής μονάδας στις Φιλιάτες οι οποίες την εποχή εκείνη ήταν το κέντρο της οικονομικής και κοινωνικής ζωής του νομού Θεσπρωτίας.
Μετά από σύσκεψη τοπικών παραγόντων το Σεπτέμβριο του 1929 αποφασίστηκε η ίδρυση του Νοσοκομείου, όπου με απόφαση του Υπουργείου Υγείας συστήθηκε δεκαπενταμελής πανεπαρχιακή Επιτροπή Συλλογής Εράνων. Τα πρώτα δε έσοδα της Επιτροπής για την κατασκευή του νοσοκομείου προήλθαν από τις εισφορές των κατοίκων της περιοχής Θυάμιδος και ανήλθαν στις 300.000 δρχ. ενώ η τότε Ελληνική κυβέρνηση μετά από εισήγηση του ιατρού Μπέμπη ενίσχυσε το σκοπό αυτό με 500.000 δρχ. Επιπρόσθετα, ο ιατρός Μπέμπης μετά από ταξίδια που έκανε στις ΗΠΑ, Καναδά και Αίγυπτο συγκέντρωσε για το σκοπό αυτό από την ελληνική ομογένεια 10.000 δολάρια.
Με τον 5347/21-3-32 Νόμο ψηφίζεται το πρώτο Διάταγμα Ίδρυσης Νοσοκομείου στις Φιλιάτες το οποίο φέρει την επωνυμία “Γενικό Νοσοκομείο Φιλιατών” και το ίδιο έτος γίνονται τα εγκαίνια της έναρξης των εργασιών κατασκευής του.
Οι κτιριακές εγκαταστάσεις του νοσοκομείου αποπερατώνονται το 1939, όπου κατά τη διάρκεια του πολέμου (1940) λεηλατούνται και καταστρέφονται. Το 1946 μετά από νέες προσπάθειες και δαπάνες, επιτυγχάνεται η ανακατασκευή του νοσοκομείου όπου αναπτύσσεται στον ανατολικό χώρο του ισογείου μία νέα πτέρυγα κλινικών.
Με το από 16/12/1946 Βασιλικό Διάταγμα εγκρίνεται η σύσταση Οργανισμού του Νοσοκομείου, ενώ ένα χρόνο μετά, στις 23/3/47 γίνονται τα εγκαίνια του Νοσοκομείου και από την 1/4/1947 ξεκινά τη λειτουργία του με 30 συνολικά κλίνες όπου νοσηλεύθηκαν 150 ασθενείς περίπου. Τέλος, στις 25/9/1949 πραγματοποιούνται τα εγκαίνια της ολοκλήρωσης του Νοσοκομείου με την προσθήκη και δευτέρου ορόφου οπότε και αυξάνεται η δυναμικότητά του από 30 σε 60 σε κλίνες.
Το 1961 αυξάνεται η δύναμη των κλινικών του από 60 σε 70 και συστήνονται η ΩΡΛ κλινική και η Οφθαλμολογική κλινική, ενώ παράλληλα αυξάνεται και ο αριθμός του προσωπικού του. Στη συνέχεια, το 1985 έγινε η τροποποίηση της επωνυμίας του και από Γενικό Νοσοκομείο Φιλιατών μετονομάσθηκε σε Π.Γ.Ν.-Κ.Υ. Φιλιατών, ενώ την ίδια χρονιά λειτούργησαν και τα δύο Κ.Υ. Ηγουμενίτσας και Παραμυθιάς στα πλαίσια του Ε.Σ.Υ.
Με την υπ’ αριθμ. Α3β/οικ.4788/2-4-87 (ΦΕΚ 168/Β/6-4-87) απόφαση “Αναμόρφωση του Οργανισμού του Γενικού Νοσοκομείου Φιλιατών” η δυναμικότητα σε κλίνες είναι 100 και η επωνυμία του διαμορφώνεται σε ΝΟΜΑΡΧΙΑΚΟ ΓΕΝΙΚΟ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟ – ΚΕΝΤΡΟ ΥΓΕΙΑΣ ΦΙΛΙΑΤΩΝ.
Το 1991 ιδρύεται στο Γ.Ν.Ν. – Κ.Υ. Φιλιατών, Μέση Τεχνική Επαγγελματική Νοσηλευτική Σχολή διετούς φοίτησης η οποία τελεί υπό την εποπτεία και τον έλεγχο του Υπ. Υγείας, Πρόνοιας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων.
Το 1994 παραδόθηκε σε λειτουργία η νέα πτέρυγα του Νοσοκομείου και λίγο αργότερα ξεκίνησαν οι εργασίες διαρρύθμισης της παλαιάς πτέρυγας οι οποίες σήμερα έχουν ολοκληρωθεί.
Στην συνέχεια με τον Ν.3329/2005 τα νοσοκομεία του ΕΣΥ διακρίνονται σε γενικά και ειδικά.
Το Νοσοκομείο μας ονομάζεται πλέον ΓΕΝΙΚΟ ΝΟΣΟΚΟΜΕΙΟ – Κ.Υ. ΦΙΛΙΑΤΏΝ.
Με την υπ΄ αριθμ. Υ4α/οικ.84627/25-7-2011 το Νοσοκομείο μας διασυνδέθηκε με το Π.Γ.Ν. Ιωαννίνων και οι κλίνες έγιναν 90.
Με την παρ. 11 του άρθρου 2 του Νόμου 4052/2012 το Νοσοκομείο παύει να είναι διασυνδεόμενο.